Transcription factors and their control

Parent categories	3. Information processing 3.4. Regulation of gene expression
Neighbouring categories	3.4.1. Sigma factors and their control 3.4.2. Transcription factors and their control 3.4.3. Trigger enzymes 3.4.4. RNA binding regulators 3.4.5. Regulators of core metabolism 3.4.6. Transition state regulators 3.4.7. Phosphorelay 3.4.8. Quorum sensing
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Reviews

P J Lewis, G P Doherty, J Clarke
Transcription factor dynamics.
Microbiology (Reading): 2008, 154(Pt 7);1837-1844
[PubMed:18599813] [WorldCat.org] [DOI] (P p)

Genes in this functional category

Two-component system response regulators

• bceR
• cheY
• citT
• comA
• cssR
• dctR
• degU
• desR
• glnL
• liaR
• lytT
• malR
• natR
• phoP
• psdR
• resD
• spo0A
• walR
• ybdJ
• ycbL
• yclJ
• ydfI
• yesN
• yfiK
• yhcZ
• ykoG
• yneI
• yrkP
• yvfU
• yvrHb
• yxdJ
• yxjL

Control of two-component response regulators

Two-component sensor kinase

• bceS
• cheA
• citS
• comP
• cssS
• dctS
• degS
• desK
• glnK
• kinA
• kinB
• kinC
• kinD
• kinE
• liaS
• lytS
• malK
• natK
• phoR
• psdS
• resE
• walK
• ybdK
• ycbM
• yclK
• ydfH
• yesM
• yfiJ
• yhcY
• ykoH
• yrkQ
• ytrP
• yvfT
• yvrG
• ywpD
• yxdK
• yxjM

Response regulator aspartate phosphatase

• phrI
• phrK
• rapA
• rapB
• rapC
• rapD
• rapE
• rapF
• rapG
• rapH
• rapI
• rapJ
• rapK

Control of response regulators/ other

• cheV
• degQ
• degR
• liaF
• phrC
• phrF
• phrG
• rapC
• rapD
• rapF
• rapG
• rapH
• yycH
• yycI
• yydF
• yydG
• yydH
• yydI
• yydJ

Prd-type regulators

• glcT
• levR
• licR
• licT
• manR
• mtlR
• sacT
• sacY

Transcription factors/ other

• acoR
• adhR
• ahrC
• alaR
• alsR
• ansR
• araR
• arfM
• arsR
• aseR
• azlB
• birA
• bkdR
• bltR
• bmrR
• bsdA
• btr
• catR
• ccpB
• citR
• comK
• csoR
• ctsR
• cueR
• cysL
• czrA
• degA
• deoR
• exuR
• fadR
• fapR
• fatR
• fnr
• fruR
• fur
• gabR
• gerE
• gerR
• glcR
• glnR
• glpP
• gltC
• gltR
• glvR
• gmuR
• gntR
• gutR
• hrcA
• hutP
• hxlR
• immR
• iolR
• kdgR
• kipR
• lacR
• lexA
• lmrA
• lrpA
• lrpB
• lutR
• lytR
• mdtR
• mgsR
• mhqR
• mntR
• msmR
• mta
• mtrB
• murR
• nadR
• nsrR
• ntdR
• ohrR
• padR
• paiB
• perR
• pksA
• pucR
• purR
• pyrR
• rbsR
• rex
• rghR
• rocR
• rok
• scoC
• sdpR
• senS
• sinR
• sknR
• slrR
• splA
• spoIIID
• spoVT
• spx
• tenI
• treR
• xre
• xylR
• ybgA
• ycbG
• ycnK
• yesS
• yetL
• yfmP
• yodB
• yofA
• yplP
• ytlI
• ytrA
• yuaC
• yvoA
• ywcC
• yxaF
• zur

Transcription factor/ other/ based on similarity

• ybfI
• ybfP
• yceK
• ycgE
• ycgK
• ycnC
• ycxD
• yczG
• ydeB
• ydeC
• ydeE
• ydeF
• ydeL
• ydeS
• ydfD
• ydfL
• ydgG
• ydgJ
• ydhC
• yerO
• yezC
• yezE
• yfiF
• yfiR
• yfiV
• yhbI
• yhcB
• yhcF
• yhdI
• yhgD
• yisR
• yisV
• ykoM
• ykvZ
• ymfC
• yoaU
• yobD
• yobQ
• yonR
• yozG
• ypoP
• yraN
• yrdQ
• ysmB
• ytdP
• ytzE
• yulB
• yurK
• yusT
• yvaO
• yvbU
• yvcL
• yvdE
• yvdT
• yvhJ
• yvkB
• ywaE
• ywbI
• ywhA
• ywoH
• ywqM
• ywrC
• yxaD
• yxjO
• yyaN
• yybA
• yybE
• yydK

Control of transcription factor (other than two-component system)

• abbA
• crh
• hprK
• immA
• mcsA
• mcsB
• nrgB
• ptsH
• rtpA
• salA
• sinI
• slrA
• yabJ
• ylbF
• ymcA
• yqfL