Difference between revisions of "Sandbox"

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* '''Description:''' acetoin dehydrogenase E1 component (TPP-dependent beta subunit) <br/><br/>
+
* '''D s r      ''' a          y r    as  E            (T  -         a  a s      ) < r >< r >
  
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{| align="right" border="1" cellpadding="2"  
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{| a    ="r    "   r  r=" "     a    =" "  
 
|-
 
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|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Gene name'''
+
|s y  =" a k r    #ABCDEF;" a    ="     r"|'''G    a  '''
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|''acoB''
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|''a  A''
 
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|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Synonyms''' || ''yfjJ ''
+
|s y  =" a k r    #ABCDEF;" a    ="     r"| '''Sy  y s''' || ''yfjK ''
 
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|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Essential''' || no
+
|s y  =" a k r    #ABCDEF;" a    ="     r"| '''Ess    a ''' ||  
 
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|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Product''' || acetoin dehydrogenase E1 component <br/>(TPP-dependent beta subunit)
+
|s y  =" a k r    #ABCDEF;" a    ="     r"| ''' r    ''' || a          y r    as  E            (T  -         a  a s      )
 
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|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Function''' || acetoin utilization
+
|s y  =" a k r    #ABCDEF;" a    ="     r"|'''F      ''' || a            za   
 
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|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''MW, pI''' || 36 kDa, 4.396 
+
|s y  =" a k r    #ABCDEF;" a    ="     r"| ''' W, I''' ||   kDa, 4 9   
 
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−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Gene length, protein length''' || 1026 bp, 342 aa  
+
|s y  =" a k r    #ABCDEF;" a    ="     r"| '''G          , r            ''' || 999  ,     aa  
 
|-
 
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|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Immediate neighbours''' || ''[[acoA]]'', ''[[acoC]]''
+
|s y  =" a k r    #ABCDEF;" a    ="     r"|'''I    a          rs''' || ''[[yfjL]]'', ''[[a  B]]''
 
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|style="background:#FAF8CC;" align="center"|'''[http://subtiwiki.uni-goettingen.de/acoB_nucleotide.txt    Gene sequence     (+200bp)  ]'''  
+
|s y  =" a k r    #FAF CC;" a    ="     r"|'''[       s      k    -             a  A_            x     G    s q          (+     )  ]'''  
−
|style="background:#FAF8CC;" align="center"|'''[http://subtiwiki.uni-goettingen.de/acoB_protein.txt Protein sequence]'''
+
|s y  =" a k r    #FAF CC;" a    ="     r"|'''[       s      k    -             a  A_ r      x  r      s q    ]'''
 
|-
 
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|colspan="2" | '''Genetic context''' <br/> [[Image:acoB_context.gif]]
+
|   s a =" " | '''G            x ''' < r > [[I a  a  A_    x    f]]
−
  <div align="right"> <small>This image was kindly provided by [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/ SubtiList]</small></div>
+
  <   a    ="r    "> <s a  >T  s  a    as k    y  r        y [             s  as  r fr S    L s  S    L s ]< s a  ><   >
 
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|}
 
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__TOC__
 
__TOC__
  
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<br/><br/><br/>
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< r >< r >
  
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=The gene=
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=T      =
  
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=== Basic information ===
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=== Bas    f r a    ===
  
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* '''Coordinates:'''
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* '''C  r  a  s '''
  
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===Phenotypes of a mutant ===
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===     y  s  f a   a  ===
  
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=== Database entries ===
+
=== Da a as    r  s ===
  
−
* '''DBTBS entry:''' [http://dbtbs.hgc.jp/COG/prom/acoABCL.html]
+
* '''DBTBS   ry ''' [           s    j  COG r  a  ABCL    ]
  
−
* '''SubtiList entry:''' [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/genome.cgi?gene_detail+BG12559]
+
* '''S    L s    ry ''' [             s  as  r fr S    L s            ?   _  a  +BG    ]
  
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=== Additional information===
+
=== A      a    f r a    ===
  
  
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=The protein=
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=T    r    =
  
−
=== Basic information/ Evolution ===
+
=== Bas    f r a      E        ===
  
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* '''Catalyzed reaction/ biological activity:'''  
+
* '''Ca a yz  r a              a  a      y '''  
  
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* '''Protein family:'''
+
* ''' r      fa  y '''
  
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* '''Paralogous protein(s):'''
+
* ''' ara    s  r    (s) '''
  
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=== Extended information on the protein ===
+
=== Ex        f r a            r      ===
  
−
* '''Kinetic information:'''
+
* '''K        f r a    '''
  
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* '''Domains:'''  
+
* '''D  a  s '''  
  
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* '''Modification:'''
+
* '''   f  a    '''
  
−
* '''Cofactor(s):'''
+
* '''C fa  r(s) '''
  
−
* '''Effectors of protein activity:'''
+
* '''Eff    rs  f  r      a      y '''
  
−
* '''Interactions:'''
+
* '''I  ra    s '''
  
−
* '''Localization:''' Membrane-proximal (Spotty) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/16479537 PubMed]
+
* '''L  a  za    ''' Cy    as  (H        s) [                           s  s    r z  6479  7      ]
  
−
=== Database entries ===
+
=== Da a as    r  s ===
  
−
* '''Structure:'''
+
* '''S r    r  '''
  
−
* '''Swiss prot entry:'''
+
* '''S  ss  r      ry '''
  
−
* '''KEGG entry:''' [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?bsu+BSU08070]
+
* '''KEGG   ry ''' [                 j      -       _    ? s +BSU  6 ]
  
−
* '''E.C. number:'''
+
* '''E C       r '''
  
−
=== Additional information===
+
=== A      a    f r a    ===
  
−
=Expression and regulation=
+
=Ex r ss    a  r    a    =
  
−
* '''Operon:''' ''[[acoA]]-[[acoB]]-[[acoC]]-[[acoL]]'' [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/11274109 PubMed]
+
* '''O  r  ''' ''[[a  A]]-[[a  B]]-[[a  C]]-[[a  L]]'' [                           s  s    r z    74 9        ]
  
−
* '''Sigma factor:''' [[SigL]] [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/11274109 PubMed]
+
* '''S  a fa  r ''' [[S  L]] [                           s  s    r z    74 9        ]
  
−
* '''Regulation:''' repressed by glucose ([[CcpA]]) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12850135 PubMed], induced by acetoin ([[AcoR]]) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/11274109 PubMed]
+
* '''R    a    ''' r  r ss    y      s  ([[C  A]]) [                                                 ],           y a      ([[A  R]]) [                           s  s    r z    74 9        ]
  
−
* '''Regulatory mechanism:''' [[AcoR]]: transcription activation (interaction with [[SigL]]-containing RNA polymerase) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/11274109 PubMed]
+
* '''R    a  ry    a  s  ''' [[A  R]]   ra s r      a    a    (   ra          [[S  L]]-   a      RNA   y  ras ) [                           s  s    r z    74 9        ]
  
−
* '''Additional information:'''  
+
* '''A      a    f r a    '''  
  
−
=Biological materials =
+
=B      a  a  r a s =
  
−
* '''Mutant:'''
+
* '''   a  '''
  
−
* '''Expression vector:'''
+
* '''Ex r ss        r '''
 
          
 
          
−
* '''lacZ fusion:'''
+
* ''' a Z f s    '''
  
−
* '''GFP fusion:'''
+
* '''GF  f s    '''
  
−
* '''two-hybrid system:'''  
+
* '''   - y r  sys    '''  
  
−
* '''Antibody:'''
+
* '''A      y '''
  
−
=Labs working on this gene/protein=
+
=La s  rk          s      r    =
  
−
[[Michel Debarbouille]], Pasteur Institute, Paris, France [http://www.pasteur.fr/ip/easysite/go/03b-00000m-0ob/recherche/departements-scientifiques/microbiologie/unites-et-groupes/unite-de-biologie-des-bacteries-pathogenes-a-gram-positif/les-membres-de-l-equipe Homepage]
+
[[       D  ar      ]], as  r I s      , ar s, Fra    [           as  r fr     asys          -     -   r    r      ar      s-s      f q  s    r              s- - r    s      - -       - s- a  r  s- a      s-a- ra - s  f  s-   r s- - - q    H    a  ]
  
−
=Your additional remarks=
+
=Y  r a      a  r  arks=
  
−
=References=
+
=R f r    s=
  
−
# Blencke et al. (2003) Transcriptional profiling of gene expression in response to glucose in ''Bacillus subtilis'': regulation of the central metabolic pathways. ''Metab Eng.'' '''5:''' 133-149 [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12850135 PubMed]
+
# B    k    a  (   ) Tra s r      a  r f      f      x r ss      r s  s          s    ''Ba    s s      s'' r    a      f        ra    a      a  ays  ''   a  E  '' ''' '''   - 49 [                                                 ]
−
# Meile et al. (2006) Systematic localisation of proteins fused to the green fluorescent protein in ''Bacillus subtilis'': identification of new proteins at the DNA replication factory ''Proteomics'' '''6:''' 2135-2146. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/16479537 PubMed]
+
#         a  (   6) Sys  a      a  sa      f  r    s f s          r    f  r s      r        ''Ba    s s      s''       f  a      f      r    s a      DNA r    a    fa  ry '' r      s'' '''6 '''     - 46  [                           s  s    r z  6479  7      ]
−
# Ali, N. O., Bignon, J., Rapoport, G., and Débarbouillé, M. (2001) Regulation of the acetoin catabolic pathway is controlled by sigma L in Bacillus subtilis. J. Bacteriol. 183, 2497-2504. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/11274109 PubMed]
+
# A  , N O , B    , J , Ra    r , G , a  Dé ar      é,   (   ) R    a      f    a        a a      a  ay  s    r      y s  a L   Ba    s s      s  J Ba  r        , 497-   4  [                           s  s    r z    74 9        ]
−
# Author1, Author2 & Author3 (year) Title ''Journal'' '''volume:''' page-page. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/PMID PubMed]
+
# A    r , A    r  & A    r  (y ar) T    ''J  r a '' '''       ''' a  - a    [                           s  s    r z  ID      ]

Revision as of 23:10, 2 April 2009

  • D s r a y r as E (T - a a s ) < r >< r >
G a a A
Sy y s yfjK
Ess a
r a y r as E (T - a a s )
F a za
W, I kDa, 4 9
G , r 999 , aa
I a rs yfjL, a B
[ s k - a A_ x G s q (+ ) ] [ s k - a A_ r x r s q ]
G x < r > I a a A_ x f 
<    a    ="r    "> T  s   a    as k    y  r        y [             s   as   r fr S    L s   S    L s ]< s a  ><    >

< r >< r >

T

Bas f r a

  • C r a s

y s f a a

Da a as r s

  • DBTBS ry [ s j COG r a ABCL ]
  • S L s ry [ s as r fr S L s  ? _ a +BG ]

A a f r a

T r

Bas f r a E

  • Ca a yz r a a a y
  • r fa y
  • ara s r (s)

Ex f r a r

  • K f r a
  • D a s
  • f a
  • C fa r(s)
  • Eff rs f r a y
  • I ra s
  • L a za Cy as (H s) [ s s r z 6479 7 ]

Da a as r s

  • S r r
  • S ss r ry
  • KEGG ry [ j - _  ? s +BSU 6 ]
  • E C r

A a f r a

Ex r ss a r a

  • S a fa r S L [ s s r z 74 9 ]
  • R a r r ss y s (C A) [ ], y a (A R) [ s s r z 74 9 ]
  • R a ry a s A R ra s r a a ( ra S L- a RNA y ras ) [ s s r z 74 9 ]
  • A a f r a

B a a r a s

  • a
  • Ex r ss r
  • a Z f s
  • GF f s
  • - y r sys
  • A y

La s rk s r

D ar , as r I s , ar s, Fra [ as r fr asys - - r r ar s-s f q s r s- - r s - - - s- a r s- a s-a- ra - s f s- r s- - - q H a ]

Y r a a r arks

R f r s

  1. B k a ( ) Tra s r a r f f x r ss r s s s Ba s s s r a f ra a a ays a E - 49 [ ]
  2. a ( 6) Sys a a sa f r s f s r f r s r Ba s s s f a f r s a DNA r a fa ry r s 6 - 46 [ s s r z 6479 7 ]
  3. A , N O , B , J , Ra r , G , a Dé ar é, ( ) R a f a a a a ay s r y s a L Ba s s s J Ba r , 497- 4 [ s s r z 74 9 ]
  4. A r , A r & A r (y ar) T J r a a - a [ s s r z ID ]
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