Difference between revisions of "SunA"

From SubtiWiki
Jump to: navigation, search
Line 1: Line 1:
−
* '''Description:''' sublancin 168 lantibiotic antimicrobial precursor peptide <br/><br/>
+
0808 <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/\">http://manuals-ppua.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/\">http://manuals-acd.pp.ua/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=6\">http://manualsa.ru/?paged=6</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=10\">http://manualsa.ru/?paged=10</a>  <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/\">http://loadinstructions1.pp.ua/</a>   <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=8\">http://manualsa.ru/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2</a>  <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8</a>   <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/\">http://skachatmanual.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4</a>  <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/\">http://manuals-ua.pp.ua/</a>    <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10</a>      <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10</a>  <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=4\">http://manualsa.ru/?paged=4</a>    <a href=\"http://manualsa.ru/\">http://manualsa.ru/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=2\">http://manualsa.ru/?paged=2</a>    <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2</a>      <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/\">http://manuals-pp.pp.ua/</a>    <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8</a>              <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4</a>   <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8</a>
−
 
 
−
{| align="right" border="1" cellpadding="2"  
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Gene name'''
 
−
|''sunA''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Synonyms''' || ''yolG ''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Essential''' || no
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Product''' || sublancin 168 lantibiotic antimicrobial precursor peptide
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Function''' || antimicrobial peptide
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Gene expression levels in [http://cellpublisher.gobics.de/subtiexpress/ ''Subti''Express]''': [http://cellpublisher.gobics.de/subtiexpress/bsu/BSU21480 sunA]
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''MW, pI''' || 5 kDa, 7.963 
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Gene length, protein length''' || 168 bp, 56 aa
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Immediate neighbours''' || ''[[sunT]]'', ''[[sunI]]''
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"|'''Get the DNA and protein [http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+&#91;EMBLCDS:CAB14066&#93;+-newId sequences] <br/> (Barbe ''et al.'', 2009)'''
 
−
|-
 
−
|colspan="2" | '''Genetic context''' <br/> [[Image:sunA_context.gif]]
 
−
  <div align="right"> <small>This image was kindly provided by [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/ SubtiList]</small></div>
 
−
|-
 
−
|colspan="2" |'''[http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=sunA_2269521_2269691_-1 Expression at a glance]'''&#160;&#160;&#160;{{PubMed|22383849}}<br/>[[Image:sunA_expression.png|500px]]
 
−
|-
 
−
|}
 
−
 
 
−
__TOC__
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/>
 
−
 
 
−
= [[Categories]] containing this gene/protein =
 
−
{{SubtiWiki category|[[miscellaneous metabolic pathways]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[biosynthesis of antibacterial compounds]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[toxins, antitoxins and immunity against toxins]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[SP-beta prophage]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[membrane proteins]]}}
 
−
 
 
−
= This gene is a member of the following [[regulons]] =
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[Abh regulon]]}},
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[AbrB regulon]]}},
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[Rok regulon]]}},
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[YvrHb regulon]]}}
 
−
 
 
−
=The gene=
 
−
 
 
−
=== Basic information ===
 
−
 
 
−
* '''Locus tag:''' BSU21480
 
−
 
 
−
===Phenotypes of a mutant ===
 
−
 
 
−
=== Database entries ===
 
−
 
 
−
* '''DBTBS entry:''' [http://dbtbs.hgc.jp/COG/prom/sunA.html]
 
−
 
 
−
* '''SubtiList entry:''' [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/genome.cgi?gene_detail+BG12682]
 
−
 
 
−
=== Additional information===
 
−
 
 
−
 
 
−
 
 
−
 
 
−
=The protein=
 
−
 
 
−
=== Basic information/ Evolution ===
 
−
 
 
−
* '''Catalyzed reaction/ biological activity:'''
 
−
 
 
−
* '''Protein family:''' IPP isomerase type 2 family (according to Swiss-Prot)
 
−
 
 
−
* '''Paralogous protein(s):'''
 
−
 
 
−
=== Extended information on the protein ===
 
−
 
 
−
* '''Kinetic information:'''
 
−
 
 
−
* '''Domains:'''
 
−
 
 
−
* '''Modification:''' contains a glucose attached to a cysteine residue, glycosylation is essential for its antimicrobial activity {{PubMed|21196935}}
 
−
 
 
−
* '''Cofactor(s):'''
 
−
 
 
−
* '''Effectors of protein activity:'''
 
−
 
 
−
* '''[[SubtInteract|Interactions]]:'''
 
−
 
 
−
* '''[[Localization]]:''' cell membrane (according to Swiss-Prot)
 
−
 
 
−
=== Database entries ===
 
−
 
 
−
* '''Structure:'''
 
−
 
 
−
* '''UniProt:''' [http://www.uniprot.org/uniprot/P68577 P68577]
 
−
 
 
−
* '''KEGG entry:''' [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?bsu:BSU21480]
 
−
 
 
−
* '''E.C. number:'''
 
−
 
 
−
=== Additional information===
 
−
 
 
−
=Expression and regulation=
 
−
 
 
−
* '''Operon:''' ''sunA'' {{PubMed|16306698}}
 
−
 
 
−
* '''Expression browser:''' [http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=sunA_2269521_2269691_-1 sunA] {{PubMed|22383849}}
 
−
 
 
−
* '''Sigma factor:'''
 
−
 
 
−
* '''Regulation:'''
 
−
** repressed by [[Rok]] [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/15743949 PubMed]
 
−
** repressed during logrithmic growth ([[AbrB]]) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/17720793 PubMed]
 
−
 
 
−
* '''Regulatory mechanism:'''
 
−
** activated by [[YvrHb]] {{PubMed|16306698}}
 
−
** [[Rok]]: transcription repression [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/15743949 PubMed]
 
−
** [[AbrB]]: transcription repression{{PubMed|20817675,17720793}}
 
−
** [[Abh]]: transcription activation {{PubMed|20817675,19465659}}
 
−
 
 
−
* '''Additional information:'''  the mRNA is very stable (half-life > 15 min) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/12884008 PubMed]
 
−
 
 
−
=Biological materials =
 
−
 
 
−
* '''Mutant:'''
 
−
 
 
−
* '''Expression vector:'''
 
−
       
 
−
* '''lacZ fusion:'''
 
−
 
 
−
* '''GFP fusion:'''
 
−
 
 
−
* '''two-hybrid system:'''
 
−
 
 
−
* '''Antibody:'''
 
−
 
 
−
=Labs working on this gene/protein=
 
−
 
 
−
=Your additional remarks=
 
−
 
 
−
=References=
 
−
'''Additional publications:''' {{PubMed|20817675,21196935,21910430}}
 
−
<pubmed>12884008,9722542 15743949,17720793,16306698, 19465659 21196935</pubmed>
 
−
 
 
−
[[Category:Protein-coding genes]]
 

Revision as of 14:52, 8 August 2012

0808 <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/\">http://manuals-ppua.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/\">http://manuals-acd.pp.ua/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=6\">http://manualsa.ru/?paged=6</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=10\">http://manualsa.ru/?paged=10</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/\">http://loadinstructions1.pp.ua/</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=8\">http://manualsa.ru/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/\">http://skachatmanual.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/\">http://manuals-ua.pp.ua/</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=4\">http://manualsa.ru/?paged=4</a> <a href=\"http://manualsa.ru/\">http://manualsa.ru/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=2\">http://manualsa.ru/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/\">http://manuals-pp.pp.ua/</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8</a>

Retrieved from "http://subtiwiki.uni-goettingen.de/wiki//index.php?title=SunA&oldid=174524"