Difference between revisions of "BdbB"

From SubtiWiki
Jump to: navigation, search
Line 1: Line 1:
−
* '''Description:''' thiol-disulfide oxidoreductase <br/><br/>
+
0808 <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manualsa.ru/\">http://manualsa.ru/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/\">http://manuals-ppua.pp.ua/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=4\">http://manualsa.ru/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8</a>  <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=2\">http://manualsa.ru/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2</a>    <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8</a>  <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/\">http://manuals-ua.pp.ua/</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4</a>      <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6</a>    <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/\">http://manuals-acd.pp.ua/</a>  <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4</a>  <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=8\">http://manualsa.ru/?paged=8</a>            <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/\">http://skachatmanual.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4</a>      <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8</a>  <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8</a>  <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2</a>             <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/\">http://manuals-pp.pp.ua/</a>
−
 
 
−
{| align="right" border="1" cellpadding="2"
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Gene name'''
 
−
|''bdbB''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Synonyms''' || ''yolK ''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Essential''' || no
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Product''' || thiol-disulfide oxidoreductase
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Function''' || oxidative folding of proteins
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Gene expression levels in [http://cellpublisher.gobics.de/subtiexpress/ ''Subti''Express]''': [http://cellpublisher.gobics.de/subtiexpress/bsu/BSU21440 bdbB]
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Metabolic function and regulation of this protein in [[SubtiPathways|''Subti''Pathways]]: <br/>[http://subtiwiki.uni-goettingen.de/wiki/index.php/Protein_secretion Protein secretion]'''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''MW, pI''' || 16 kDa, 9.415  
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Gene length, protein length''' || 444 bp, 148 aa
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Immediate neighbours''' || ''[[bhlB]]'', ''[[sunS]]''
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"|'''Get the DNA and protein [http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+&#91;EMBLCDS:CAB14062&#93;+-newId sequences] <br/> (Barbe ''et al.'', 2009)'''
 
−
|-
 
−
|colspan="2" | '''Genetic context''' <br/> [[Image:bdbB_context.gif]]
 
−
<div align="right"> <small>This image was kindly provided by [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/ SubtiList]</small></div>
 
−
|-
 
−
|colspan="2" |'''[http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=bdbB_2265225_2265671_-1 Expression at a glance]'''&#160;&#160;&#160;{{PubMed|22383849}}<br/>[[Image:bdbB_expression.png|500px]]
 
−
|-
 
−
|}
 
−
 
 
−
__TOC__
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
 
 
−
 
 
−
<br/><br/>
 
−
 
 
−
= [[Categories]] containing this gene/protein =
 
−
{{SubtiWiki category|[[chaperones/ protein folding]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[SP-beta prophage]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[membrane proteins]]}}
 
−
 
 
−
= This gene is a member of the following [[regulons]] =
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[Abh regulon]]}},
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[AbrB regulon]]}},
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[Rok regulon]]}},
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[YvrHb regulon]]}}
 
−
 
 
−
=The gene=
 
−
 
 
−
=== Basic information ===
 
−
 
 
−
* '''Locus tag:''' BSU21440
 
−
 
 
−
===Phenotypes of a mutant ===
 
−
 
 
−
=== Database entries ===
 
−
 
 
−
* '''DBTBS entry:''' [http://dbtbs.hgc.jp/COG/prom/sunT-bdbA-yolJ-bdbB.html]
 
−
 
 
−
* '''SubtiList entry:''' [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/genome.cgi?gene_detail+BG13587]
 
−
 
 
−
=== Additional information===
 
−
 
 
−
 
 
−
 
 
−
 
 
−
=The protein=
 
−
 
 
−
=== Basic information/ Evolution ===
 
−
 
 
−
* '''Catalyzed reaction/ biological activity:'''
 
−
** oxidative folding of [[SunA]] (together with [[BdbC]])
 
−
 
 
−
* '''Protein family:''' NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase family (according to Swiss-Prot)
 
−
 
 
−
* '''Paralogous protein(s):'''
 
−
 
 
−
=== Extended information on the protein ===
 
−
 
 
−
* '''Kinetic information:'''
 
−
 
 
−
* '''Domains:'''
 
−
 
 
−
* '''Modification:'''
 
−
 
 
−
* '''Cofactor(s):'''
 
−
 
 
−
* '''Effectors of protein activity:'''
 
−
 
 
−
* '''[[SubtInteract|Interactions]]:'''
 
−
 
 
−
* '''[[Localization]]:''' cell membrane (according to Swiss-Prot)
 
−
 
 
−
=== Database entries ===
 
−
 
 
−
* '''Structure:'''
 
−
 
 
−
* '''UniProt:''' [http://www.uniprot.org/uniprot/P68571 P68571]
 
−
 
 
−
* '''KEGG entry:''' [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?bsu:BSU21440]
 
−
 
 
−
* '''E.C. number:'''
 
−
 
 
−
=== Additional information===
 
−
 
 
−
=Expression and regulation=
 
−
 
 
−
** '''Operon:''' ''[[sunT]]-[[bdbA]]-[[sunS]]-[[bdbB]]'' [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/16306698 PubMed]
 
−
 
 
−
* '''Expression browser:''' [http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=bdbB_2265225_2265671_-1 bdbB] {{PubMed|22383849}}
 
−
 
 
−
* '''Sigma factor:'''
 
−
 
 
−
* '''Regulation:'''
 
−
** repressed by [[Rok]] [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/15743949 PubMed]
 
−
 
 
−
* '''Regulatory mechanism:'''
 
−
** activated by [[YvrHb]] [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/16306698 PubMed]
 
−
** [[Rok]]: transcription repression [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/15743949 PubMed]
 
−
** [[AbrB]]: transcription repression{{PubMed|20817675}}
 
−
** [[Abh]]: transcription activation {{PubMed|20817675}}
 
−
 
 
−
* '''Additional information:'''
 
−
 
 
−
=Biological materials =
 
−
 
 
−
* '''Mutant:'''
 
−
 
 
−
* '''Expression vector:'''
 
−
       
 
−
* '''lacZ fusion:'''
 
−
 
 
−
* '''GFP fusion:'''
 
−
 
 
−
* '''two-hybrid system:'''
 
−
 
 
−
* '''Antibody:'''
 
−
 
 
−
=Labs working on this gene/protein=
 
−
 
 
−
=Your additional remarks=
 
−
 
 
−
=References=
 
−
'''Additional publications:''' {{PubMed|20817675}}
 
−
<pubmed>11872755 15743949, </pubmed>
 
−
 
 
−
[[Category:Protein-coding genes]]
 

Revision as of 14:52, 8 August 2012

0808 <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manualsa.ru/\">http://manualsa.ru/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/\">http://manuals-ppua.pp.ua/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=4\">http://manualsa.ru/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=2\">http://manualsa.ru/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/\">http://manuals-ua.pp.ua/</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/\">http://manuals-acd.pp.ua/</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=8\">http://manualsa.ru/?paged=8</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/\">http://skachatmanual.pp.ua/</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/\">http://manuals-pp.pp.ua/</a>

Retrieved from "http://subtiwiki.uni-goettingen.de/wiki//index.php?title=BdbB&oldid=174523"