Difference between revisions of "Tkt"

From SubtiWiki
Jump to: navigation, search
Line 1: Line 1:
−
* '''Description:''' transketolase <br/><br/>
+
0808 <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6</a>  <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/\">http://manuals-ppua.pp.ua/</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4</a>  <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2</a>    <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/\">http://loadinstructions1.pp.ua/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/\">http://manuals-acd.pp.ua/</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=6\">http://manualsa.ru/?paged=6</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2</a>      <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=8\">http://manualsa.ru/?paged=8</a>  <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8</a>    <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6</a>  <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=2\">http://manualsa.ru/?paged=2</a>      <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/\">http://skachatmanual.pp.ua/</a>  <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10</a>  <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10</a>  <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4</a>  <a href=\"http://manualsa.ru/\">http://manualsa.ru/</a>   <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6</a>       <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=4\">http://manualsa.ru/?paged=4</a>
−
 
 
−
{| align="right" border="1" cellpadding="2"
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Gene name'''
 
−
|''tkt''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Synonyms''' || ''tktA ''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Essential''' || no
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Product''' || transketolase
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Function''' || pentose phosphate pathway
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Gene expression levels in [http://cellpublisher.gobics.de/subtiexpress/ ''Subti''Express]''': [http://cellpublisher.gobics.de/subtiexpress/bsu/BSU17890 tkt]
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Interactions involving this protein in [http://cellpublisher.gobics.de/subtinteract/startpage/start/ ''Subt''Interact]''': [http://cellpublisher.gobics.de/subtinteract/interactionList/2/Tkt Tkt]
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"| '''Metabolic function and regulation of this protein in [[SubtiPathways|''Subti''Pathways]]: <br/>[http://subtiwiki.uni-goettingen.de/pathways/carbon_flow.html Central C-metabolism]'''
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''MW, pI''' || 72 kDa, 4.803 
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"| '''Gene length, protein length''' || 2001 bp, 667 aa
 
−
|-
 
−
|style="background:#ABCDEF;" align="center"|'''Immediate neighbours''' || ''[[ynzC]]'', ''[[sirA]]''
 
−
|-
 
−
|colspan="2" style="background:#FAF8CC;" align="center"|'''Get the DNA and protein [http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-e+&#91;EMBLCDS:CAB13673&#93;+-newId sequences] <br/> (Barbe ''et al.'', 2009)'''
 
−
|-
 
−
|-
 
−
|-
 
−
|colspan="2" | '''Genetic context''' <br/> [[Image:tkt_context.gif]]
 
−
<div align="right"> <small>This image was kindly provided by [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/ SubtiList]</small></div>
 
−
|-
 
−
|colspan="2" |'''[http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=tkt_1919861_1921864_1 Expression at a glance]'''&#160;&#160;&#160;{{PubMed|22383849}}<br/>[[Image:tkt_expression.png|500px]]
 
−
|-
 
−
|}
 
−
 
 
−
__TOC__
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
<br/><br/><br/><br/>
 
−
 
 
−
 
 
−
<br/><br/><br/><br/><br/><br/>
 
−
 
 
−
= [[Categories]] containing this gene/protein =
 
−
{{SubtiWiki category|[[carbon core metabolism]]}},
 
−
{{SubtiWiki category|[[phosphoproteins]]}}
 
−
 
 
−
= This gene is a member of the following [[regulons]] =
 
−
{{SubtiWiki regulon|[[Spo0A regulon]]}}
 
−
 
 
−
=The gene=
 
−
 
 
−
=== Basic information ===
 
−
 
 
−
* '''Locus tag:''' BSU17890
 
−
 
 
−
===Phenotypes of a mutant ===
 
−
 
 
−
=== Database entries ===
 
−
 
 
−
* '''DBTBS entry:''' [http://dbtbs.hgc.jp/COG/prom/tkt.html]
 
−
 
 
−
* '''SubtiList entry:''' [http://genolist.pasteur.fr/SubtiList/genome.cgi?gene_detail+BG11247]
 
−
 
 
−
=== Additional information===
 
−
 
 
−
 
 
−
 
 
−
 
 
−
=The protein=
 
−
 
 
−
=== Basic information/ Evolution ===
 
−
 
 
−
* '''Catalyzed reaction/ biological activity:''' Sedoheptulose 7-phosphate + D-glyceraldehyde 3-phosphate = D-ribose 5-phosphate + D-xylulose 5-phosphate (according to Swiss-Prot)
 
−
 
 
−
* '''Protein family:''' transketolase family (according to Swiss-Prot)
 
−
 
 
−
* '''Paralogous protein(s):'''
 
−
 
 
−
=== Extended information on the protein ===
 
−
 
 
−
* '''Kinetic information:'''
 
−
 
 
−
* '''Domains:'''
 
−
 
 
−
* '''Modification:''' phosphorylated on ser/ thr/ tyr [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16493705 PubMed]
 
−
 
 
−
* '''Cofactor(s):''' thiamine pyrophosphate
 
−
 
 
−
* '''Effectors of protein activity:'''
 
−
 
 
−
* '''[[SubtInteract|Interactions]]:''' [[Tkt]]-[[Tpi]] {{PubMed|19193632}}
 
−
 
 
−
* '''[[Localization]]:'''
 
−
 
 
−
=== Database entries ===
 
−
 
 
−
* '''Structure:''' [[http://www.rcsb.org/pdb/cgi/explore.cgi?pdbId=3K95 3K95]], complex with thiamine diphosphate, from ''B. anthracis''
 
−
 
 
−
* '''UniProt:''' [http://www.uniprot.org/uniprot/P45694 P45694]
 
−
 
 
−
* '''KEGG entry:''' [http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?bsu:BSU17890]
 
−
 
 
−
* '''E.C. number:''' [http://www.expasy.org/enzyme/2.2.1.1 2.2.1.1]
 
−
 
 
−
=== Additional information===
 
−
 
 
−
=Expression and regulation=
 
−
 
 
−
* '''Operon:''' ''tkt'' {{PubMed|9068642}}
 
−
 
 
−
* '''Expression browser:''' [http://genome.jouy.inra.fr/cgi-bin/seb/viewdetail.py?id=tkt_1919861_1921864_1 tkt] {{PubMed|22383849}}
 
−
 
 
−
* '''Sigma factor:'''
 
−
 
 
−
* '''Regulation:'''
 
−
** repressed under conditions that trigger sporulation ([[Spo0A]]) [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/14651647 PubMed]
 
−
 
 
−
* '''Regulatory mechanism:'''
 
−
** [[Spo0A]]: transcription repression [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/14651647 PubMed]
 
−
 
 
−
* '''Additional information:'''
 
−
 
 
−
=Biological materials =
 
−
 
 
−
* '''Mutant:''' BS4530 (aphA3), available in [[Stülke]] lab
 
−
 
 
−
* '''Expression vector:'''
 
−
** pGP94 (N-terminal Strep-tag, for [[SPINE]], expression in B. subtilis, in [[pGP380]]), available in [[Stülke]] lab
 
−
** for expression, purification in ''E. coli'' with N-terminal Strep-tag, in [[pGP172]]: pGP820, available in [[Stülke]] lab 
 
−
   
 
−
* '''lacZ fusion:'''
 
−
 
 
−
* '''GFP fusion:'''
 
−
 
 
−
* '''two-hybrid system:''' B. pertussis adenylate cyclase-based bacterial two hybrid system ([[BACTH]]), available in [[Stülke]] lab
 
−
 
 
−
* '''Antibody:'''
 
−
 
 
−
* '''FLAG-tag construct:''' GP1406 (spc, based on [[pGP1331]]), available in the [[Stülke]] lab
 
−
 
 
−
=Labs working on this gene/protein=
 
−
 
 
−
=Your additional remarks=
 
−
 
 
−
=References=
 
−
==Reviews==
 
−
<pubmed>9924800 </pubmed>
 
−
==Original publications==
 
−
<pubmed>14651647,16493705, 19603213 9068642 16143417 15375635 19193632 </pubmed>
 
−
 
 
−
[[Category:Protein-coding genes]]
 

Revision as of 14:52, 8 August 2012

0808 <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/\">http://manuals-ppua.pp.ua/</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/\">http://loadinstructions1.pp.ua/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/\">http://manuals-acd.pp.ua/</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=6\">http://manualsa.ru/?paged=6</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-acd.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=2</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=8\">http://manualsa.ru/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8\">http://manuals-pp.pp.ua/?paged=8</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=2\">http://manualsa.ru/?paged=2</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/\">http://skachatmanual.pp.ua/</a> <a href=\"http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10\">http://skachatmanual.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=10</a> <a href=\"http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4\">http://manuals-ppua.pp.ua/?paged=4</a> <a href=\"http://manualsa.ru/\">http://manualsa.ru/</a> <a href=\"http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6\">http://loadinstructions1.pp.ua/?paged=6</a> <a href=\"http://manualsa.ru/?paged=4\">http://manualsa.ru/?paged=4</a>

Retrieved from "http://subtiwiki.uni-goettingen.de/wiki//index.php?title=Tkt&oldid=174520"